SEDはディレクトリに部分的なファイル名を保持します。

私はMainDirectory/hundreds_of_subdirectories/thousands_of_fastas構造を持っています。基本となる各ファスタ（生物情報ファイル形式）について、ファイルの特定の部分のみを維持するために、ファイル名とファイルの最初の行を変更してみました。

したがって、次のテキストはファイル名とファイル名を構成します。

947-length-1150-cov-1000|contig:JAECWU010000213.1|slice:817050-818200|uce:uce-1452|match:817550-817700|orient:{'+'}|probes:4.unaligned.fasta

になる:

uce-1452.unaligned.fasta

私が試したファイルの最初の行を編集するには

sed '1 s/^[^|uce-]*(|uce-[0-9]).*/\1/' hundreds_of_subdirectories/*

しかし、チケットではありません...

その後、ある種のループを混乱させる...

for i in *\*.unaligned.fasta; do sed -E 's/^[^|uce-]*(|uce-[0-9]).*/\1/'; done

ファイル名の場合はrename代わりに使用することをお勧めsedしますがsed、次のことを試しました。

for x in hundreds_of_subdirectories/thousands_of_fastas*unaligned.fasta; do
    echo $x | sed -r 's/^[^|uce-]*(|uce-[0-9]).*/mv' -v "\0" "|uce-[0-9].*/\1/.unaligned.fasta"/
done

私は木に向かって吠えましたか？ありがとうございます！