これを行う特定のコマンドを知っているとは言えません。ただし、ハッシュのみを使用してこれを行うことができます。

簡単な例は次のとおりです。

#!/bin/bash

# ...some stuff to get the files...

# Get hashes for all source paths
for srcFile in "${srcFileList[@]}"
do
  srcHashList+="$(md5sum "$srcFile")"
done

# Get hashes for all destination paths
for dstFile in "${dstFileList[@]}"
do
  dstHashList+="$(md5sum "$dstFile")"
done

# Compare hashes, exclude identical files, regardless of their path.
for srci in "${!srcHashList[@]}"
do
  for dsti in "${!dstHashList[@]}"
  do
    match=0
    if [ "${srcHashList[$srci]}" == "${dstHashList[$dsti]}" ]
    then
      match=1
    fi
    if [ $match != 1 ]
    then
      newSrcList+=${srcFileList[$srci]}
      newDstList+=${dstFileList[$dsti]}
    fi
  done
done
# ...move files after based on the new lists

特に、互いに同じパスを持つファイルにのみ興味がある場合は、よりきれいにすることができます。線形時間で行うことも可能ですが、全体的な概念は実行可能です。