dnf自動アンインストールは、未使用のパッケージ/依存関係のみを削除しますか？

はい、これはdnfまさに（そして他のパッケージマネージャが）動作する方法です。何かに依存している場合は、それをgnome-boxes削除するとgnome-boxesその項目も削除されます。

これにより、--noautoremoveこれが発生するのを防ぎ、それを実行してすべてのdnf autoremove「リーフ」パッケージ（元のユーザーインストールパッケージの依存関係としてインストールされたが、もはやそのパッケージには必要ないシステムのパッケージ）を削除できます。