私はbashスクリプトに初めてアクセスし、以下のスクリプトを使用してジョブの送信を自動化しています。スクリプトは、前のジョブが完了するのを待ってから自動的に新しいジョブを送信します。
while true
do
jobstat=$(squeue -u $USER | grep DNAJB6 | wc -l)
if [[ "$jobstat" == '0' ]]; then
sbatch per3_restart.sh
break
fi
done
./script.sh &
ログインノードで実行します。
top | grep bash
しばらく(おそらく一日程度)実行した後の出力です。それ以降は、grep
プロセスIDを使用しても表示されません。
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
26054 vadupa 20 0 140428 3052 836 S 0.3 0.0 0:04.47 bash
ただし、一定時間が経過すると、エラーメッセージや警告なしにプロセスが自動的に終了します。
私は何を逃したことがありませんか?教えてください。ありがとうございます。
編集する:
進行状況を確認するために頻繁にログアウトしてからログインします。
出力は次のとおりですbash -x script.sh > /tmp/trace.txt 2>&1 &
+ [[ hxB =~ i ]]
+ export -f module
+ ENV=/hpc/eb/modules-tcl-1.923/init/profile.sh
+ export ENV
+ BASH_ENV=/hpc/eb/modules-tcl-1.923/init/bash
+ export BASH_ENV
+ '[' 4 -ge 3 ']'
+ [[ hxB =~ i ]]
+ MODULESHOME=/hpc/eb/modules-tcl-1.923
+ export MODULESHOME
+ [[ ! :/hpc/sw/hpc/bin:/hpc/sw/hpc/sbin:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/hpc/eb/compilerwrappers/compilers:/hpc/eb/compilerwrappers/linkers:/hpc/eb/modules-tcl-1.923/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/ibutils/bin:/home/vadupa/bin: =~ :/hpc/eb/modules-tcl-1\.923/bin: ]]
++ manpath
+ manpath=/hpc/sw/hpc/man:/hpc/sw/hpc/man:/hpc/eb/modules-tcl-1.923/share/man:/usr/local/share/man:/usr/share/man/overrides:/usr/share/man:/opt/ibutils/share/man:/hpc/sw/hpc/man:/hpc/eb/modules-tcl-1.923/share/man:/usr/local/share/man:/usr/share/man/overrides:/usr/share/man:/opt/ibutils/share/man:/usr/share/man
+ [[ ! :/hpc/sw/hpc/man:/hpc/sw/hpc/man:/hpc/eb/modules-tcl-1.923/share/man:/usr/local/share/man:/usr/share/man/overrides:/usr/share/man:/opt/ibutils/share/man:/hpc/sw/hpc/man:/hpc/eb/modules-tcl-1.923/share/man:/usr/local/share/man:/usr/share/man/overrides:/usr/share/man:/opt/ibutils/share/man:/usr/share/man: =~ :/hpc/eb/modules-tcl-1\.923/share/man: ]]
+ '[' /sw/noarch/modulefiles/environment:/hpc/sw/modules/modulefiles/init:/hpc/sw/modules/modulefiles/init-devel = '' ']'
+ '[' compilerwrappers:surfsara = '' ']'
+ '[' -r /hpc/eb/modules-tcl-1.923/init/modulerc -a /sw/noarch/modulefiles/environment:/hpc/sw/modules/modulefiles/init:/hpc/sw/modules/modulefiles/init-devel = '' -a compilerwrappers:surfsara = '' ']'
+ true
++ squeue -u vadupa
++ wc -l
+ jobstat=2
+ [[ 2 == \1 ]]