bashは変数の特殊文字を置き換えます。

システムの「リトルエンディアン」/「ビッグエンディアン」属性を指定するために、Unicodeロケールベースのシステムで使用される「bom」（バイト順表示）があります。

バラよりhttps://en.wikipedia.org/wiki/Byte_order_mark

ありがたいことに、これはutf-8ロケールで動作するようです。これはASCII 1-177文字だけを期待している場合は良いことです。

次のことを「確認」するために（一時的に）Cロケールを使用するように強制されたsedを挿入して、それを削除できます。

LC_ALL=C sed '1s/^\xEF\xBB\xBF//' 

たとえば、次のように使用されます。

incoming program | LC_ALL=C sed '1s/^\xEF\xBB\xBF//' | somecmd
 # or
< incomingfile LC_ALL=C sed '1s/^\xEF\xBB\xBF//' > outputfile
  #  <incomingfile  : will give "incomingfile" content as stdin to sed 
  # then sed modifies only the first line, replacing the BOM with ""
  #    (the rest is not touched by sed and is transmitted as-is)
  #  > outputfile : directs sed output (ie, incomingfile without the BOM) to "outputfile"