ディレクトリとzip名をパラメータとして取得し、他のファイルとフォルダを含むフォルダを圧縮しようとしています。私のスクリプトは、圧縮したいフォルダ以外のフォルダにあります（ただ..）。このコードを試してみてください。
zip -j $2 $1/* $1
ただし、デフォルトフォルダとは異なるフォルダは存在しません。
Zip - 再帰ディレクトリと対応する起動ファイル
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