GCTAを使用してGRMを作成しようとしています。https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#MakingaGRM。
私は約10,000人の遺伝的.bim .bed .famスタイルデータで作業しています。 GRMの作成に使用されるIDを含む.txtファイルがあります。以下はファイルの上部の例です。
184756782736_R06C02
847590372877_R03C02
758697857466_R03C02
102938475999_R05C01
176766475869_R08C02
398987586666_R06C02
私はそれらを列のリストにソートしようとしましたが、スペースとタブで区切った。私のコードは[ここでdata = data.famで、file.txtは保持/保存するIDの.txtファイルです]：
gcta64 --bfile /data --keep file.txt --maf 0.01 --make-grm --out out_file
ただし、コードを実行するとエラーが発生します。
Error: the subject list file [file.txt], line 1 has elements less than 2
トピックリストファイルは、IDが[file.txt]のファイルであると仮定します。
これは私が正しい方法を使用していることを意味するので、これがデータ/Linuxの問題であるに違いないと思いますか？ https://cnsgenomics.com/data/teaching/STAT7306/2019/Practical/Practical_partF.pdf
グーグルしてみると何も出てこないですね。
誰でもどんな提案がありますか？とても感謝しています。