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sed：パターンを変数リストに一度だけ置き換える

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sed：パターンを変数リストに一度だけ置き換える

私はsedを初めて使用し、毎回パターンを別の変数に置き換える方法を知りたいです。

以下のtxtファイルがあります。

@K3KFV:1:1109:11598:25872
@K3KFV:1:2101:22577:15247
@K3KFV:1:1110:13477:13178
@K3KFV:1:2113:23585:6859... (etc)

合計200本の異なるラインがあります。また、他のファイルがあります。

ASF356_KB822565.1:1065516-1065795
TAGGTCAAGCCCTCGGTCTATTAGTATTGGTCAGCTTAATACATTGCTGCACTTACACCT
CCAACCTATCTACCTTGTTGTCTTCAAGGGACCTTACTCACTTGCGTTTTGGGATATCTT
 
ASF356_KB822565.1:1065796-1066075
CGGATAGGGACCGAACTGTCTCACGACGTTCTGAACCCAGCTCGCGTACCGCTTTAATGG
GCGAACAGCCCAACCCTTGGGACCTACTTCAGCCCCAGGATGCGATGAGCCGACATCGAG
 
ASF356_KB822565.1:1066076-1066355
CCTTTTGCCTTTACACTCTTTGAATGGTTTCCAATCATTCTGAGGTGACCTTCGAGCGCC
TCCGTTACTCTTTTGGAGGCGACCGCCCCAGTCAAACTGCCCGCCTGACATTGTCCTTCA

また、「ASF....」の200個のインスタンスも含まれています。

私が望むのは、「ASF...」を含む行を「@K3KFV:.....」の行に置き換えることです。

@K3KFV:1:1109:11598:25872
TAGGTCAAGCCCTCGGTCTATTAGTATTGGTCAGCTTAATACATTGCTGCACTTACACCT
CCAACCTATCTACCTTGTTGTCTTCAAGGGACCTTACTCACTTGCGTTTTGGGATATCTT

@K3KFV:1:2101:22577:15247
CGGATAGGGACCGAACTGTCTCACGACGTTCTGAACCCAGCTCGCGTACCGCTTTAATGG
GCGAACAGCCCAACCCTTGGGACCTACTTCAGCCCCAGGATGCGATGAGCCGACATCGAG

@K3KFV:1:1110:13477:13178
CCTTTTGCCTTTACACTCTTTGAATGGTTTCCAATCATTCTGAGGTGACCTTCGAGCGCC
TCCGTTACTCTTTTGGAGGCGACCGCCCCAGTCAAACTGCCCGCCTGACATTGTCCTTCA

これはこれまで私のシェルスクリプトです。

input="K3KFVfile.txt"

while IFS= read -r title
do
        sed '/ASF/c'$title'' ASF_file
done < "$input"

しかし、@K3KFV 200行を与えるのではなく...すべてのASF行がすべての@K3KFV行に置き換えられたので、40000行を得ました。

続行する前に、sedを使用してパターンを変数に一度だけ変更する方法はありますか？この場合、sedは正しいコマンドですか？

ベストアンサー1

sedのGNU実装がある場合（capital）コマンドを使用できますR。GNU sed 関連コマンドASF- 2番目のファイルから-で始まる行と一致するたびに、最初のファイルの行を読み込み、挿入します。次に、一致する行を削除します。

$ sed '/^ASF/{
R K3KFVfile.txt
d
}' ASF_file
@K3KFV:1:1109:11598:25872
TAGGTCAAGCCCTCGGTCTATTAGTATTGGTCAGCTTAATACATTGCTGCACTTACACCT
CCAACCTATCTACCTTGTTGTCTTCAAGGGACCTTACTCACTTGCGTTTTGGGATATCTT

@K3KFV:1:2101:22577:15247
CGGATAGGGACCGAACTGTCTCACGACGTTCTGAACCCAGCTCGCGTACCGCTTTAATGG
GCGAACAGCCCAACCCTTGGGACCTACTTCAGCCCCAGGATGCGATGAGCCGACATCGAG

@K3KFV:1:1110:13477:13178
CCTTTTGCCTTTACACTCTTTGAATGGTTTCCAATCATTCTGAGGTGACCTTCGAGCGCC
TCCGTTACTCTTTTGGAGGCGACCGCCCCAGTCAAACTGCCCGCCTGACATTGTCCTTCA

必要に応じて、次のように1行で書くことができます。

sed -e '/^ASF/{R K3KFVfile.txt' -e 'd}' ASF_file

あるいは、awkの使用を検討することもできます。

awk 'NR==FNR{K[FNR] = $0; next} /^ASF/{$0 = K[++n]} 1' K3KFVfile.txt ASF_file

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