これは/run/user/1000の下の予想されるディレクトリですか？

これは通常の現象であり、/run/user/1000 ディレクトリの権限が原因で発生します。読み取りにはディレクトリに対する読み取り権限が必要です。コンテンツディレクトリ（例：実行ls） ただし、statこのディレクトリ内のすべてのファイルにアクセスするには実行権限が必要です。後方でファイルに関する情報を取得するために使用されるため、フォルダに対するls -l実行stat権限がないとフォルダ内のファイルを表示できますが、その情報は表示できません。

一言で言えば、疑問符ではなく名前と権限を持つ一般的なファイルですが、そのフォルダに対する実行権限がないため、情報を見ることはできません。