最近、dockerを使用してbashパイプラインを開発している間、いくつかの問題に直面しました。これには、プロセス置換[<()]を特定のdockerコマンドへの入力として使用することが含まれます。これがパーティションマウントの問題であることがわかります。ファイルを作成したにもかかわらず、dockerでプロセス交換を実行する他の方法を知っている人はいますか？
注文する:
docker run --rm -v`pwd`:`pwd` docker pull staphb/samtools samtools bedcov <(grep "chr" `pwd`/hsa-genome/BED-new/On-Off_targets.txt | sed -E 's/:|-|;/\t/g' | cut -f2-6) `pwd`/HSA-output/Mapping_files/file.bam
samtools bedcov: can't open BED file '/dev/fd/63': No such file or directory
ありがとう、ウィリアム