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awk はファイルを複数のファイルに分割し、別のインデックスファイルに名前を付けます。

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awk はファイルを複数のファイルに分割し、別のインデックスファイルに名前を付けます。

次のクラスター fasta ファイル (ファイルと呼ばれる) があります。

>1AB2
>1AB2 AA
NWWIEUNJRNIBGOWNGIOWGRBIGBRGRIOWGI
NCIDHFR8EHGBVPIWOBGIGRI
>1AB3 AA
WNIOREHUEBRGOUERGHBERGIORBGREUGEGO
NWFWRUBGREOUEREOBRIOBNERIOBN
>1SC4 AA
WNIOREHUEBRGOUERGHBERGIORBGREUGEGO
NWFWRUBGREOUEREOBRIOBNERIOBN
>2CD5 AA
WNIOREHUEBRGOUERGHBERGIORBGREUGEGO
NWFWRUBGREOUEREOBRIOBNERIOBN
>2AC6
>2AC6 AA
NFIGEURHGEIROHEGHTUTJGENLJBBEOWRIU
NFIROUHBOERVERUGBERUOVREOIBROEBVUE
NVHIRE
>2ONM AA
BUCIEHBUORBREOBWQVURVELLAJFLHIEBGR
NHEIBVEURIGBVNRIHEOEAJVSJDNHVUGBVR
NEBIBVVBRU
>2POD AA
BUFEWIBOEUWBWOREBRIUBGUERIGBVOSRIP
BUEIBVEO
>7KZL
>7KZL AA
BUIREBVAUREVBREOIRGPNJBFDVERUBVROR
>6GH3
>6GH3 AA
NBVUIREVOIAWRHRUGRTYUVDNJKDFHUGSEI
FHUIERBLUUIREB
>6GH4 AA
BDFUIGEVUERERHOBERIHBSDLKFJBNIERIH
NFHILRUGAURHG

ファイルには4つのグループがあります。.1AB2, 2AC6, 7KZL, and 6GH3最初>1AB2と最初の期間の内容は>2AC6このクラスタに属します1AB2。最初>2AC6と最初の期間の内容は>7KZLこのクラスタに属します2AC6。

2番目のファイルでは、ファイルを4つのファイルに分割し、>XXXXこのインデックスファイル（ind.txt）で特定の名前を使用したいと思います。

HG001 1AB2
HG010 2AC6
HG023 7KZL
HG004 6GH3

結果ファイルは次のようになります。

HG001.fa

>1AB2 AA
NWWIEUNJRNIBGOWNGIOWGRBIGBRGRIOWGI
NCIDHFR8EHGBVPIWOBGIGRI
>1AB3 AA
WNIOREHUEBRGOUERGHBERGIORBGREUGEGO
NWFWRUBGREOUEREOBRIOBNERIOBN
>1SC4 AA
WNIOREHUEBRGOUERGHBERGIORBGREUGEGO
NWFWRUBGREOUEREOBRIOBNERIOBN
>2CD5 AA
WNIOREHUEBRGOUERGHBERGIORBGREUGEGO
NWFWRUBGREOUEREOBRIOBNERIOBN

HG010.fa

>2AC6 AA
NFIGEURHGEIROHEGHTUTJGENLJBBEOWRIU
NFIROUHBOERVERUGBERUOVREOIBROEBVUE
NVHIRE
>2ONM AA
BUCIEHBUORBREOBWQVURVELLAJFLHIEBGR
NHEIBVEURIGBVNRIHEOEAJVSJDNHVUGBVR
NEBIBVVBRU
>2POD AA
BUFEWIBOEUWBWOREBRIUBGUERIGBVOSRIP
BUEIBVEO

HG023.fa

>7KZL AA
BUIREBVAUREVBREOIRGPNJBFDVERUBVROR

HG004.fa

>6GH3 AA
NBVUIREVOIAWRHRUGRTYUVDNJKDFHUGSEI
FHUIERBLUUIREB
>6GH4 AA
BDFUIGEVUERERHOBERIHBSDLKFJBNIERIH
NFHILRUGAURHG

使ってみよう

awk '/^>/ && NF==1; NR==FNR{a[$2]=$1} (substr($1,2) in a) {close(out); out="cluster/"a[substr($1,2)]".fa"}  {print > out}' ind.txt file

しかし、うまくいかず、このエラーの解決策が見つかりません。

ベストアンサー1

mkdir -p cluster &&
awk 'NR==FNR  {map[">"$2]="cluster/"$1".fa"; next}
     /^>/ && NF==1 {close(out); out=map[$0]; next} 
     out != "" {print > out}
' ind.txt file

最初の条件付き操作（NR==FNR）はインデックスファイルを解析してファイル名を生成し、それを配列に保存します。ここで、2番目のファイルのヘッダーはハッシュです。

ヘッダー（/^>/ && NF==1）が見つかった場合に使用する出力ファイル名を定義します。

他の行の場合は、選択したファイル名で印刷します。また、"cluster/.fa"このヘッダーへのマッピングがないとファイルに印刷しないという条件が追加されました。

次のファイルは、サンプル入力でテストするために作成されました。

$ head cluster/*.fa
==> cluster/HG001.fa <==
>1AB2 AA
NWWIEUNJRNIBGOWNGIOWGRBIGBRGRIOWGI
NCIDHFR8EHGBVPIWOBGIGRI
>1AB3 AA
WNIOREHUEBRGOUERGHBERGIORBGREUGEGO
NWFWRUBGREOUEREOBRIOBNERIOBN
>1SC4 AA
WNIOREHUEBRGOUERGHBERGIORBGREUGEGO
NWFWRUBGREOUEREOBRIOBNERIOBN
>2CD5 AA

==> cluster/HG004.fa <==
>6GH3 AA
NBVUIREVOIAWRHRUGRTYUVDNJKDFHUGSEI
FHUIERBLUUIREB
>6GH4 AA
BDFUIGEVUERERHOBERIHBSDLKFJBNIERIH
NFHILRUGAURHG

==> cluster/HG010.fa <==
>2AC6 AA
NFIGEURHGEIROHEGHTUTJGENLJBBEOWRIU
NFIROUHBOERVERUGBERUOVREOIBROEBVUE
NVHIRE
>2ONM AA
BUCIEHBUORBREOBWQVURVELLAJFLHIEBGR
NHEIBVEURIGBVNRIHEOEAJVSJDNHVUGBVR
NEBIBVVBRU
>2POD AA
BUFEWIBOEUWBWOREBRIUBGUERIGBVOSRIP

==> cluster/HG023.fa <==
>7KZL AA
BUIREBVAUREVBREOIRGPNJBFDVERUBVROR

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