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バイオインフォマティクス分析でfpkmを計算するためにawkを使用する方法は？ [閉鎖]

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バイオインフォマティクス分析でfpkmを計算するためにawkを使用する方法は？ [閉鎖]

これは私のコードです。

awk -v "counts=170712" '{if(NR>1){print $1 "\t" 1000000*1000*$NF/($(NF-1)*counts)} else{print $1"\t"$NF}}' a.counts > a.fpkm.txt

ただし、次のエラーが発生します。

awk: cmd. line:1: (FILENAME=BMXV02.counts FNR=2) fatal: division by zero attempted

何を変えるべきですか？

ベストアンサー1

エラーは正確に何が間違っているかを伝えます。つまり、数学的に違法なゼロに分けようとします。これはファイルの2行目で発生しますBMXV02.counts。コードの唯一の区別は次1000000*1000*$NF/($(NF-1)*counts)のため$(NF-1)*counts、明らかに返されます0。

おそらく$(NF-1)2行目の2番目のフィールド（）はaです0。

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