fastq.gz私のLinuxシステムのディレクトリにR1とR2という名前のファイルがいくつかあります。dir次のようになります。
dir
|____sampleA_1.fastq.gz
|____sampleA_2.fastq.gz
|____sampleB_1.fastq.gz
|____sampleB_2.fastq.gz
|____sampleC_1.fastq.gz
|____sampleC_2.fastq.gz
txt最初の列にサンプル名、2番目の列にR1 fastqパス、3番目の列にR2 fastqパスを使用してファイルを作成したいと思います。
内部では、dir以下を試しました。
find "$PWD" -name \*1.fastq.gz > list1.txt
find "$PWD" -name \*2.fastq.gz > list2.txt
両方のファイルを再結合して列名を指定し、サンプル名で別の列を再作成する必要があります。代わりに単一のコマンドでファイルを作成する方法はありますか？
ファイルはtxt次のようにする必要があります。
sample Second Third
sampleA dir/sampleA_1.fastq.gz dir/sampleA_2.fastq.gz
sampleB dir/sampleB_1.fastq.gz dir/sampleB_2.fastq.gz
sampleC dir/sampleC_1.fastq.gz dir/sampleC_2.fastq.gz
ベストアンサー1
サンプルペアが常に存在することを保証できる場合、このbash/kshコードはすべてのサンプル1ファイルの存在に基づいて出力を生成します。
はい（デモ環境の構築）：
mkdir -p /tmp/710303/dir
cd /tmp/710303
touch dir/sample{A,B,C}_{1,2}.fastq.gz # Assumes a { }-aware shell
ファイルの作成（デモ環境で動作）
printf "%s %s %s\n" 'sample' 'Second' 'Third'
for f1 in dir/sample*_1.fastq* # Loop through all first samples
do
fn="${f1##*/}"; fn="${fn%%_*}" # Label
f2="${f1/1/2}" # Filename for second sample
printf "%s %s %s\n" "$fn" "$f1" "$f2" # Output the values
done
出力
sample Second Third
sampleA dir/sampleA_1.fastq.gz dir/sampleA_2.fastq.gz
sampleB dir/sampleB_1.fastq.gz dir/sampleB_2.fastq.gz
sampleC dir/sampleC_1.fastq.gz dir/sampleC_2.fastq.gz
これはスペースで区切られた列です。タブで区切るには、（スペース）の代わりに（タブ）をprintf使用するようにフォーマット行を変更します。\t