各ファイルの最初の数行を省略しながら、3つのファイルの「グループのマージ」をどのように実行できますか？

アプリケーションDSU慣用語、必須のPOSIXツールawk、ソート、および切り取りのすべてのバージョンを使用します。

$ cat tst.sh
#!/usr/bin/env bash

awk -v OFS='\t' '
    FNR == 1 { fileNr++ }
    FNR >= 4 { print FNR-3, fileNr, $0 }
' "${@:--}" |
sort -n -k1,1 -k2,2 |
awk '($1 % 2) || ($2 == 1)' |
cut -f 3-

$  ./tst.sh file01.txt file02.txt file03.txt
line to keep file 01
line to keep file 02
line to keep file 03
heading 1 in the form: 2017243 01 2017243 01
data 1 file 01
data 1 file 02
data 1 file 03
heading 2 in the form: 2017243 02 2017243 02
data 2 file 01
data 2 file 02
data 2 file 03
heading 3 in the form: 2017243 03 2017243 03
data 3 file 01
data 3 file 02
data 3 file 03

すべての入力を一度に処理する必要がある上記の唯一のツールは、要求sortページングなどを使用して大量の入力を処理するように設計されているため、入力ファイルの数は重要ではありません（ARG_MAXを超えない限り）。もちろん）またはどれだけ大きいか。

または、awkを使用し、入力ファイルが不足しているため、「開いたファイルが多すぎます」というエラーが発生したとします。

$ cat tst.awk
BEGIN {
    while ( ! eof ) {
        for ( fileNr=1; fileNr<ARGC; fileNr++ ) {
            if ( (getline vals[fileNr] < ARGV[fileNr]) <= 0 ) {
                eof = 1
            }
        }
        if ( !eof && (++lineNr >= 4) ) {
            if ( lineNr % 2 ) {
                print vals[1]
            }
            else {
                for ( fileNr=1; fileNr<ARGC; fileNr++ ) {
                    print vals[fileNr]
                }
            }
        }
    }
    exit
}

$ awk -f tst.awk file01.txt file02.txt file03.txt
line to keep file 01
line to keep file 02
line to keep file 03
heading 1 in the form: 2017243 01 2017243 01
data 1 file 01
data 1 file 02
data 1 file 03
heading 2 in the form: 2017243 02 2017243 02
data 2 file 01
data 2 file 02
data 2 file 03
heading 3 in the form: 2017243 03 2017243 03
data 3 file 01
data 3 file 02
data 3 file 03

私はgetlineほとんどの入力ファイルを一度にメモリに読み込むのを避けるために上記に注意を払いました。http://awk.freeshell.org/AllAboutGetline使用時期/方法の詳細をご覧ください。