PythonスクリプトでPyMOL APIを使用し、Pythonを使用して実行します。

PythonスクリプトでPyMOL APIを使用し、Pythonを使用して実行します。

PyMOLはすでに私のLinuxコンピュータにインストールされています。pymol -cp pymol_api_test.pyスクリプトの作成時に実行されるため、インストールされていることがわかります。

pymolただし、スクリプトを実行するためにコマンドを使用したくありません。python3コマンドを使用してスクリプトを実行したいです。

以下は私のスクリプトです。

import pymol
from pymol import cmd

print(cmd.align("/home/bbq_spatial/bbq_input_pdb/pdb1a6j.pdb",  
                "/home/bbq_spatial/bbq_output_pdb/pdb1a6j.pdb", 
                cycles=0, transform=0))

次のように呼び出すと実行されませんpython3

user_name@server_name:~$ nano pymol_api_test.py
user_name@server_name:~$ python3 pymol_api_test.py
Traceback (most recent call last):
  File "pymol_api_test.py", line 1, in <module>
    import pymol
ModuleNotFoundError: No module named 'pymol'
user_name@server_name:~$

この問題をどのように解決できますか?

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