185405149行とヘッダーを含むテキストファイルがあります。私はこのbashスクリプトからこのファイルを読んでいます：
#!/bin/bash
#PBS -N R_Job
#PBS -l walltime=4:00:00
#PBS -l vmem=20gb
module load R/4.2.1
cd filepath/
R --save -q -f script.R
スクリプトの一部は次のとおりです。
# import the gtex data
gtex_data <- read.table("/filepath/file.txt", header=TRUE)
エラーが発生します。エラー：2.0 GBのサイズのベクトルを割り当てることができません。実行が停止しました。
ディレクトリ/ファイルパスとは何の関係もありません。私はそれが記憶に関連していると思う。ファイル（例：file.txt.gz）を圧縮し、次のコマンドを使用した後でも：
gtex_data <- read.table(gzfile("/filepath/file.txt.gz"), header=TRUE)
データを読みません。
file.txtの最初の100行を読み、名前を変更してロードするなど、より小さなファイルを試してみましたが、うまくいきます。
vmemを増やしましたか？何をすべきかわかりません。どんなアドバイスや助けでもくれてありがとう。
ファイルサイズも確認してみました。
ls -lh file.txt -rw-r--r-- 1 ... 107M 10月26日 16:50 file.txt