Linux以外のプログラムがLinux権限を変更するのはなぜですか？

権限は、人間のユーザー（rootまたはsudoアカウントで）の操作を変更しませんか？

いや、しかもコンピュータソフトウェアには「人間」という概念がほとんどない。人間は常にハードウェアとさまざまなソフトウェアコンポーネントを介してやり取りしてきました。 chmodやsudoには「特別な」ものはありません。