私は最近awkを使ってfastaファイルを線形化しました。出力は完璧です。しかし、私のシーケンスにはキャレット(^)があります。このカラットを削除したいです。以下は私の試みです。助けてくれてありがとう。
>P1
MPPRRSIVEVKVLDVQKRRVPNKHYVYIIRVTWSSGATEAIYRRYSKFFDLQMQMLDKFP^MMEGGQKDPKQRIIPFLPGKILFRRSHIRDVAVKRLIPIDEYCKALIQLPPYISQCDEVLQ^MFFETRPEDLNPPKEEHIGKKKSGNDPTSVDPM
>P2
MAEVRKFTKRLSKPGTAAELRQSVSEAVRGSVVLEKAKLVEPLDYENVITQRKTQIYSDP^MLRDLLMFPMEDISISVIGRQRRTVQSTVPEDAEKRAQSLFVKECIKTYSTDWHVVNYKYE^MDFSGDFRMLPCKSLRPEKIPNHVFEIDEDCEK
>P3
GDDSEWLKLPVDQKCEHKLWKARLSGYEEALKIFQKIKDEKSPEWSKYLGLIKKFVTDS^MNAVVQLKGLEAALVYVENAHVAGKTTGEVVSGVVSKAKELGIEICLMYVEIE^MKGESVQEELLKGLDNKNPKIIVACIETLRKALS
私は以下を使用しようとしています:
$ sed '/s: ^// seq2.fa>seq3.fa
sed:e expression #1,char7: unkown command: '/'
上記のコードは助けてくれてありがとうというエラーを示しています。
ベストアンサー1
sed 's/\^//' seq2.fa>seq3.fa
(各行の最初のカラットの削除)またはsed 's/\^//g' seq2.fa>seq3.fa
(各行のすべてのカラットの削除)が必要です。