.fastaファイル（ビッグデータ）を解析する必要があるか、特定の構造の.txtファイルを考えることもできます。この目的のために私はLinuxを使用したいと思います。ファイルを「一行ずつ」読みたいです。行とは、すべての行を意味するのではなく、特定のパターンに従ってテキストに繰り返し表示される特定の行を意味します。目を引くパターンはロゴです>。私が読みたい行は、その記号を含む行の間の行です。残念ながら、必須の行は2つの行を占めています。私はLinuxの経験はありません。だから助けが必要です。最終的な目標は、必要な行を新しいファイルにリダイレクトするか、単に読むことです。コード提案を送信していただきありがとうございます。テキストの数行は次のとおりです。
>ERR194147.15240306 HSQ1004:134:C0D8DACXX:1:1204:4727:27246/1
AGCCATTTTCCAGATGAGAAAGTCAAGGTTTGGAGAGAGATTCTGTGCCTTTGAGCAGGCTTGGGGGTCTGTAAGAAGCA
GGGCCACAGTTCAAACCTAG
>ERR194147.15950974 HSQ1004:134:C0D8DACXX:2:1307:21234:48802/1
ATGCATACTTCATGCACCCCAGCCCCCGTGGGCAGCTATTGGGTTTGCTATCTAATCTCTTTCTCCACCAGCTACCCTTC
TTTATCAACTTATATGTTTA
ベストアンサー1
このツールを使用して、パターンに一致する線をつかむことができますgrep。man grep詳細については、次を参照してください。
grep -v '^>' source_file > output_file
正規表現（RE）を使用して>行の先頭（）を一致させます。^この-vオプションは一致を反転し、一致しない行のみを出力します。最後に、> output_file出力を指定されたファイルに送信するための標準シェル構成です。