VCFファイルの情報フィールドからすべてのキーを取得する

VCFファイルの情報フィールドからすべてのキーを取得する

この質問は以前の回答に関連しています。awkを区切り文字で除算し、最初の項目を取得します。-

VCFファイル(タブ区切り形式)の場合:

chr1    28374C       T       0.0     PASS    AF=0.730769;AO=19;DP=26;
chr1    29631A       G       0.0     PASS    AF=0.6;AO=6;DP=10;ALLELEID=1396033;
chr1    39322CAC    ACC      0.0     PASS    AF=0.266667,0.266667;AO=4,4;DP=16; 

次の出力を取得したい。

AF
AO
DP
AF
AO
DP
ALLELEID
AF
AO
DP

期待どおりにすべてのAFアイテムをインポートしますが、awk '{split($6,a,/;/); split(a[1],b,/=/); print b[1]}' file残りのキーを抽出する方法がわかりません。a2番目の分割でコンテンツ全体をどのように渡しますか?

ベストアンサー1

POSIX awkを使用してください。

$ awk -F'[[:space:]=;]+' '{for (i=6; i<NF; i+=2) print $i}' file
AF
AO
DP
AF
AO
DP
ALLELEID
AF
AO
DP

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