フィールドを共有する別のファイルの対応する文字列をあるファイルに追加するにはどうすればよいですか？

これは効果的な解決策ですが、さらなる改善が必要な場合があります。

データをカンマで区切るために、file2のすべてのスペースとタブを削除しました。これは簡単にできます

tr -d " " <file2 > file-b

また、初期値がNAのfile1（現在はfile-aと呼ばれる）に新しいプレースホルダフィールド番号5を追加しました。

これは次の方法で行うことができます。

sed  's/$/\tN.A./' file1 > file-a

したがって、新しい入力ファイルは次のようになります。

$ cat file-a
Tumor_ID, Chromosome, start, end,       N.A.
xxxxx,       2,        12,    13,       N.A.
xxxxx,       3,        45,    46,       N.A.
xxxxx,       3,        48,    49        N.A.
xxxxx,       3,        51,    52,       N.A.
nnnnn,       5,       55,    59,        N.A.
nnnnn,       5,       57,    58,        N.A.
lllll,      11,       13,    14,        N.A.
lllll,      12,        16,    17,       N.A.
eeeee,       2,        51,    52,       N.A.
zzzzz,       9,      1000,   101,       N.A.

$ cat file-b
Patient_No.,Tumor_ID,Normal_ID,
4,xxxxx,hhhhh,
5,nnnnn,aaaaa,
8,lllll,ddddd,
7,eeeee,ggggg,
3,zzzzz,nnnnn,

目標を達成するためのコマンドは次のとおりです。

$ while IFS="," read a b c;do sed -i "/${b}/{s/N.A./${c}/}" file-a;done <file-b

$ cat file-a
Tumor_ID, Chromosome, start, end,       Normal_ID
xxxxx,       2,        12,    13,       hhhhh
xxxxx,       3,        45,    46,       hhhhh
xxxxx,       3,        48,    49        hhhhh
xxxxx,       3,        51,    52,       hhhhh
nnnnn,       5,       55,    59,        aaaaa
nnnnn,       5,       57,    58,        aaaaa
lllll,      11,       13,    14,        ddddd
lllll,      12,        16,    17,       ddddd
eeeee,       2,        51,    52,       ggggg
zzzzz,       9,      1000,   101,       nnnnn

自分に合ったフォーマットを使って出力を美しくすることができます。