vagrant box prune以前のバージョンのボックスを削除しても使用されなくなったボックスを削除するVagrantコマンドが見つかりませんでした。たとえば、vagrant global-status「このコンピュータにはアクティブなVagrant環境がありません！」と表示されますが、vagrant box prune使用されなくなった複数のボックスを保持することが表示されます。vagrant box prune --forceもう何もしないでください。
vagrant box remove NAMEそれぞれの名前を手動で指定する必要がありますか？