私のディレクトリの中には、同じ名前のファイルが含まれています(例:* Sample_name *.base.coverage.txt)。すべての* base.coverage.txtファイルを一緒に貼り付けたいです。いくつか書きましたが、実際に貼り付けたようには思えないので正確ではありません。
cd /g/bo/vir/analysis
find -type d |
while read dir; do
if [ -f $dir/*.base.coverage.txt ]; then
paste $dir/*.base.coverage.txt >> paste_all_l30.p90.base.cov.norm
fi
done
また、ループへの他のアプローチを考えていますが、ディレクトリリストを配列に入れる方法がわかりません。
for x in $dir; do cat /$x/*.base.coverage.txt;done > paste_all_l30.p90.base.cov.norm
助けが必要ですか?ありがとう
ベストアンサー1
この試み:
find . -type f -name '*.base.coverage.txt' \
| xargs paste > paste_all_l30.p90.base.cov.norm
ファイルが多すぎない場合は、この方法が機能します。ファイルが多い場合は、次のようにします。
touch paste_all_l30.p90.base.cov.norm
for file in `find . -type f -name '*.base.coverage.txt'`; do
paste paste_all_l30.p90.base.cov.norm $file > tmp
mv tmp paste_all_l30.p90.base.cov.norm
done