特定のファイルを別のディレクトリに繰り返し貼り付ける

特定のファイルを別のディレクトリに繰り返し貼り付ける

私のディレクトリの中には、同じ名前のファイルが含まれています(例:* Sample_name *.base.coverage.txt)。すべての* base.coverage.txtファイルを一緒に貼り付けたいです。いくつか書きましたが、実際に貼り付けたようには思えないので正確ではありません。

cd /g/bo/vir/analysis
find -type d  |
while read dir; do
if [ -f $dir/*.base.coverage.txt ]; then
    paste  $dir/*.base.coverage.txt >> paste_all_l30.p90.base.cov.norm

fi
done

また、ループへの他のアプローチを考えていますが、ディレクトリリストを配列に入れる方法がわかりません。

for x in $dir; do cat /$x/*.base.coverage.txt;done > paste_all_l30.p90.base.cov.norm

助けが必要ですか?ありがとう

ベストアンサー1

この試み:

find . -type f -name '*.base.coverage.txt' \
  | xargs paste > paste_all_l30.p90.base.cov.norm

ファイルが多すぎない場合は、この方法が機能します。ファイルが多い場合は、次のようにします。

touch paste_all_l30.p90.base.cov.norm
for file in `find . -type f -name '*.base.coverage.txt'`; do
  paste paste_all_l30.p90.base.cov.norm $file > tmp
  mv tmp paste_all_l30.p90.base.cov.norm
done

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