行の先頭に固定語がある場合は増加し、そうでない場合は同じ数字を使い続けたいと思います。
入力する：
CH,A11R,Q9Y5X3,SNX5
CD,A12L,Q9Y316,MEMO1
CD,A12L,Q70CQ2,USP34
CT,A12L,Q8N7H5,PAF1
CH,A12L,Q8IZL8,PELP1
CD,A13L,Q5SY16,NOL9
CD,A13L,Q6P1J9,CDC73
CT,A13L,Q8WVC0,LEO1
CH,A13L,Q9Y4W2,LAS1L
CD,A13L,Q6PD62,CTR9
最初の列がCHで始まる場合は次の数字に続き、そうでない場合は同じ数字を印刷します。
出力：
CH,A11R,Q9Y5X3,SNX5 ,1
CD,A12L,Q9Y316,MEMO1 ,1
CD,A12L,Q70CQ2,USP34 ,1
CT,A12L,Q8N7H5,PAF1 ,1
CH,A12L,Q8IZL8,PELP1 ,2
CD,A13L,Q5SY16,NOL9 ,2
CD,A13L,Q6P1J9,CDC73 ,2
CT,A13L,Q8WVC0,LEO1 ,2
CH,A13L,Q9Y4W2,LAS1L ,3
CD,A13L,Q6PD62,CTR9 ,3
ベストアンサー1
（any）の場合、awkツールボックスには次のものが必要です。
awk 'BEGIN{FS=OFS=","}$1=="CH"{lc++}{print $0,lc}' file
同じコマンドですが、理解しやすくするために複数行に分かれています。
awk '
BEGIN{FS=OFS=","} # set input and output fields separator as ","
$1=="CH"{lc++} # if $1(first column)==CH, increment lc (last column)
{print $0,lc} # print current line and the variable lc
' file
出力が必要な場合現状のまま:
awk 'BEGIN{FS=OFS=","}$1=="CH"{lc++}{printf("%-20s,%d\n", $0,lc)}' file
CH,A11R,Q9Y5X3,SNX5 ,1
CD,A12L,Q9Y316,MEMO1,1
CD,A12L,Q70CQ2,USP34,1
CT,A12L,Q8N7H5,PAF1 ,1
CH,A12L,Q8IZL8,PELP1,2
CD,A13L,Q5SY16,NOL9 ,2
CD,A13L,Q6P1J9,CDC73,2
CT,A13L,Q8WVC0,LEO1 ,2
CH,A13L,Q9Y4W2,LAS1L,3
CD,A13L,Q6PD62,CTR9 ,3