走ろうとしています。カニ（具体的には、「Pairwise Global Alignment」サブセクションを呼び出します。仮想検索）128 GB RAMワークステーション、OS = Ubuntu 23.04、Kernel = 6.2.0-39generic。
参照として使用されるシーケンスの最大長を減らしながら分析を実行するのに問題はありませんが、参照データベース全体を使用したいと思います。
完全なデータセットでスクリプトを起動すると、次のメッセージで分析が約30％失敗します。
Fatal error: Unable to allocate enough memory。
ただし、このシステムには以下が含まれます。
128GBメモリ
776GBスワップスペース
スワップ領域は、1つのパーティションと2つのスワップファイル（すべてNVME SSDにあります）で構成されています。
NAME TYPE SIZE USED PRIO
/swap.img file 8G 339,4M -2
/dev/nvme0n1p3 partition 256G 1G -3
/home/swapfile file 512G 0B -4
Swappiness は 60 に設定されます。
cat /proc/sys/vm/swappiness
60
そして、必要に応じてシステムが正しく交換されます。
分析が約30％進み、RAMが約100％、スワップが約300GBが割り当てられると、上記のエラーで分析が停止します。ただし、システムにはまだ400 GB以上の利用可能なスワップスペースが必要です。
障害が発生した時点で、CommitLimit（使用可能なメモリ量全体と同じ）とCommied_ASを確認してみましたが、最後は300GB程度でした（図参照）。トップ、また）。
私も以下を設定しました。
echo 100 > /proc/sys/vm/overcommit_ratio
また、以下を試しました。
systemctl disable --now systemd-oomd
systemctl mask system-oomd
利用可能なスワップサイズを制限できる他のシステムパラメータ/オプションがあるかどうかを知っていますか？
助けてくれてありがとう。