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Bashでファイルの内容をループする 質問する

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Bashでファイルの内容をループする 質問する

テキストファイルの各行を反復処理するにはどうすればいいですか？バッシュ?

このスクリプトでは:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

画面には次の出力が表示されます:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

$p(後で、画面に出力するだけでなく、もっと複雑なことをしてみたいと思います。)

環境変数SHELL は(env から) 次のとおりです。

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version出力：

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version出力：

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

ファイルpeptides.txtには次の内容が含まれています。

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

ベストアンサー1

それを実行する方法の 1 つは次のとおりです。

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

コメントで指摘されているように、これには先頭の空白の削除、バックスラッシュ シーケンスの解釈、終了の改行がない場合の最終行のスキップなどの副作用があります。これらが懸念される場合は、次のようにします。

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

例外的に、ループ本体は標準入力から読み取ることができる、別のファイル記述子を使用してファイルを開くことができます。

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

ここで、10 は単なる任意の数字です (0、1、2 とは異なります)。

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