私は生物学者です。テキストファイルを編集するには、コンピュータの専門家の助けが必要です。
入力ファイルは次のとおりです。
##dsfsd2
##sdf-sdf sasg 5.6.3
gi34_ex Gen CDS 161 317 . + . Name=Xm ZAK;created by=User
gi56_ex Gen CDS 2194 2280 . + . Name=Xm ZAK;created by=User
gi37_ex Gen CDS 2848 2951 . + . Name=Xm ZAK;created by=User
gi37_ex Gen CDS 4554 4619 . + . Name=Xm ZAK;created by=User
gi37_ex Gen CDS 4729 4756 . + . Name=Xm ZAK;created by=User
gi37_ex Gen extracted region 1 11677 . + . Name=Extracted region from gi|371443185|gb|JH556675.1|;Extracted interval="1960862 -> 1972538"
3行目から、入力にはタブ区切りの12列($ 1〜$ 12)があります。ファイルの最後の行には、タブで区切られた16列($ 1 - $ 16)があります。 ## 行は無視する必要があります。
$14 (間隔 = "1960862) の最後の行を $4(161,2194,2848..4729) 列に数字 (1960862) だけを追加したいです。および $5 列 (317,2280,2951..4756)、つまり (317+1960862=1961179,2280+1960862=1963142)、最後の行を無視します。
出力は次のようになります。
##dsfsd2
##sdf-sdf sasg 5.6.3
gi34_ex Gen CDS 1961023 1961179 . + . Name=Xm ZAK;created by=User
gi56_ex Gen CDS 1963056 1963142 . + . Name=Xm ZAK;created by=User
gi37_ex Gen CDS 1963710 1963813 . + . Name=Xm ZAK;created by=User
gi37_ex Gen CDS 1965416 1965481 . + . Name=Xm ZAK;created by=User
gi37_ex Gen CDS 1965591 1965618 . + . Name=Xm ZAK;created by=User
gi37_ex Gen extracted region 1 11677 . + . Name=Extracted region from gi|371443185|gb|JH556675.1|;Extracted interval="1960862 -> 1972538"
ベストアンサー1
これが可能な解決策です。説明はコメントで確認できます。
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
open my $IN, '<', '1.in' or die $!;
my $line;
$line = $_ while <$IN>; # Remember the last line.
my $last = $.; # Remember the number of the last line.
my $interval = (split /\t/, $line)[13]; # Extract the 14th column.
$interval =~ s/[^0-9]+//; # Keep only the number.
seek $IN, 0, 0; # Rewind to the beginning of the input.
$. = 0; # Restart the line counter.
my $start = 1; # Flag to skip first lines.
while (<$IN>) {
my @columns = split /\t/;
/^##/ or undef $start; # Unset start if the header is over.
if (not ($start or $. == $last)) { # Not header or last line?
$_ += $interval for @columns[3, 4];
}
print join "\t", @columns;
}