コマンドを使用して rJava をインストールすると、install.packages("rJava")次のエラーが発生します。
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
Java JDK がインストールされており、java -version次の結果が返されます。
$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)
このエラーについて Google で検索すると、他の人も同じ問題を抱えているが、私が実行した「JRE だけでなく JDK 全体をインストールする」以外の解決策が見つからないことがわかりました。
sudo R CMD javareconf私が読んだ他のことは、エラーなしで非常にうまく実行される実行でした。
私の問題は何だと思いますか?
[[編集]]この問題が起きてから数か月が経ちました。最初は、以下の回答で示したように、Java パスを編集してこの問題を解決しました。最近、Ubuntu の新規インストールで同じ問題に遭遇しました。Dirk の推奨に従って、apt-get を使用して rJava パッケージをインストールしてみました。完璧に機能しました。当初理解できなかったのは、Ubuntu の apt-get メソッドを使用してパッケージをインストールすることは、R 内で install.packages() を使用して同じパッケージをロードすることとは根本的に異なるということです。Ubuntu パッケージは、私が気付かなかった、または理解していなかったいくつかの問題を解決します。
ベストアンサー1
しないだろう
apt-get install r-cran-rjava
もっと簡単にできたの？ユーザー！:)