ベストアンサー1
バックアップ後にシャットダウンするように構成された「Thin backup」プラグインがあります。この設定を変更したら、今は正常に動作するようになりました。このプラグインは configure system ではなく manage jenkins の下にあるため、見つけるのは少し難しいです。簡単に見落とす可能性があります。
下記の Florian が述べているように、問題の ThinBackup 設定は という名前Wait until Jenkins/Hudson is idle to perform a backup
で、 が付属していますForce Jenkins to quiet mode after specified minutes
。