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サブディレクトリの複数のファイルの関連付け

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サブディレクトリの複数のファイルの関連付け

私のディレクトリ構造は次のとおりです。

x:\Project_2012-158A\Sample_4041

SampleSheet.csv
4041_CGTACG_L002_R1_001.fastq
4041_CGTACG_L002_R2_001.fastq
4041_CGTACG_L006_R2_001.fastq
4041_CGTACG_L006_R1_001.fastq

x:\Project_2012-158A\Sample_4027

SampleSheet.csv
4027_TAGCTT_L002_R2_001.fastq
4027_TAGCTT_L006_R1_001.fastq
4027_TAGCTT_L002_R1_001.fastq
4027_TAGCTT_L006_R2_001.fastq

x:\Project_2012-158A\Sample_D425

SampleSheet.csv
D425_ACTGAT_L008_R2_001.fastq
D425_ACTGAT_L008_R1_001.fastq
D425_ACTGAT_L004_R2_001.fastq
D425_ACTGAT_L004_R1_001.fastq

サンプルごとに別々に「R1」と「R2」でファイルをリンクしたいと思います。わかりました

cat file1.fastq file2.fastq > concatenation.fastq

接続を提供します。しかし、単一のスクリプトを使用してすべてのサブディレクトリに対してこれをどのように実行しますか？

ベストアンサー1

cd /path/to/Project_2012-158A &&
for dir in Sample*/; do
    for r in R1 R2; do
        outfile=${dir%/}_${r}.fastq
        glob=*_${r}_*.fastq
        cat "$dir"/$glob > "$dir/$outfile" &&
        rm -f "$dir"/$glob
    done
done

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