Javaコンパイラには、生成されたJavaソースの出力ディレクトリをカスタマイズできるオプションがあります（ドキュメンテーション）。

-s ディレクトリ

生成されたソース ファイルを配置するディレクトリを指定します。ディレクトリは既に存在している必要があります。javac は作成しません。クラスがパッケージの一部である場合、コンパイラはソース ファイルをパッケージ名を反映したサブディレクトリに配置し、必要に応じてディレクトリを作成します。たとえば、-s C:\mysrc を指定し、クラスの名前が com.mypackage.MyClass である場合、ソース ファイルは C:\mysrc\com\mypackage\MyClass.java に配置されます。

の例build.gradle

compileJava {
    options.compilerArgs << "-s"
    options.compilerArgs << "$projectDir/generated/java"

    doFirst {
        // make sure that directory exists
        file(new File(projectDir, "/generated/java")).mkdirs()
    }
}

clean.doLast {
    // clean-up directory when necessary
    file(new File(projectDir, "/generated")).deleteDir()
}

sourceSets {
    generated {
        java {
            srcDir "$projectDir/generated/java"
        }
    }
}