一つしたら
sudo apt-get --purge remove mate-panel mate-applets
そして
sudo apt-get install mate-panel mate-applets
私のシステムのトレイアイコンの問題を解決しようとすると、ウィンドウマネージャの操作が機能しなくなったようです。
ログイン後もGUIは表示されますが、端末のみが実行されます。利用可能なパネルやメニューもありません。この端末と私が起動する他のアプリケーションでは、Chromeブラウザ（装飾に付属）を除いてウィンドウの枠線はまったく表示されません。
起動時にmate-control-center次のエラーが発生します。
** (mate-control-center:2116): WARNING **: error raised: [libslab_get_mateconf_value: error getting /desktop/mate/applications/main-menu/lock-down/user_modifiable_apps]
** (mate-control-center:2116): WARNING **: error raised: [load_xbel_store: couldn't load bookmark file [NULL]
** (mate-control-center:2116): WARNING **: get_actions_list() - PROBLEM - Can't load gtk-theme-selector.desktop
** (mate-control-center:2116): WARNING **: get_actions_list() - PROBLEM - Can't load mate-cups-manager.desktop
一時的にコンソールから手動で起動することがmate-panel回避marco策であり、システムを正常に使用できました。しかし、メインウィンドウマネージャは期待どおりに機能したいと思います。
この時点でどのような追加情報を提供するのかわかりません。