ファイルで選択した行の先頭に「#」を追加します。

一方通行：

awk 'NR==FNR{a[$0];next}$0 in a{printf "#";}1'  fileB fileA

説明する：

NR==FNR{a[$0];next} => awkはfileBを配列として読み込みます。

$0 in a{printf "#";}=> fileAの行のいずれかが配列の内容と一致する場合は、先頭に＃を追加します。

1=> fileAの各行を印刷します。

sedを使用してください：

$ x=$(sed -e :a -e 'N;s/\n/\\|/;ta' FileB)
$ sed "s/$x/#&/" FileA

最初の sed コマンドは、すべての行が文字列として一緒に連結され、「|」で区切られた文字列を準備します。 $xに保存されます。 2番目のsedは、$ x変数に格納されているパターンと一致する行の先頭に＃を挿入します。