aptを使用してインストールされた元のファイルと現在のファイルとの差分変更を取得する

次のようにしてみてください。

# exit on failure
set -e

package=php5-fpm
mkdir $package
cd $package

# you could also get the file from a package mirror if you have
#  an older version of apt-get that doesn't support 'download' 
#  or if you would like more control over what package version
#  you are downloading.
# (e.g. http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/)
apt-get download $package

# deb package files are ar archives
ar vx ${package}*.deb
# containing some compressed tar archives
tar xzf data.tar.gz
# now you have the files

# you can get diffs for all of the files in etc if you would like
find etc -type f |
while read file ; do
    diff $file /$file
done

他の人が提案したように、構成ファイルをリビジョン管理下に置きます。これにより、正確に何が変更されたかを確認できます。