次のような大きなファイルがあります。
denovo1 xxx yyyy oggugu ddddd
denovo11 ggg hhhh bbbb gggg
denovo22 hhhh yyyy kkkk iiii
denovo2 yyyyy rrrr fffff jjjj
denovo33 hhh yyy eeeee fffff
その後、私のスキーマファイルは次のようになります。
denovo1
denovo3
denovo22
私のファイルのパターンと正確に一致する行だけを抽出するために使用しようとしていますfgrep（それで欲しいdenovo1がそうではありませんdenovo11）。正確な一致を試しましたが、空の-xファイルがありました。私は試した:
fgrep -x --file="pattern" bigfile.txt > clusters.blast.uniq
最初の列でのみgrep検索を実行する方法はありますか？
ベストアンサー1
フラグが欲しいかもしれません-w。man grep
-w, --word-regexp
Select only those lines containing matches that form whole
words. The test is that the matching substring must either be
at the beginning of the line, or preceded by a non-word
constituent character. Similarly, it must be either at the end
of the line or followed by a non-word constituent character.
Word-constituent characters are letters, digits, and the
underscore.
つまり
grep -wFf patfile file
denovo1 xxx yyyy oggugu ddddd
denovo22 hhhh yyyy kkkk iiii
最初の列でのみ一致を強制するには、追加するパターンファイルのエントリを変更する必要があります。ラインアンカー\b：コマンドラインスイッチの代わりにアンカーという単語を使用することもできます。-wたとえば、次のようになります。patfile
^denovo1\b
^denovo3\b
^denovo22\b
それから
grep -f patfile file
denovo1 xxx yyyy oggugu ddddd
denovo22 hhhh yyyy kkkk iiii
-Fファイルに単純な固定文字列ではなく正規表現が含まれている場合は、このスイッチを削除する必要があります。