次のファイルがあります
a 0 gene1 56 0 6S32M12S *
b 256 gene2 56 0 6S32M12S *
c 256 gene3 55 0 6S27M17S *
d 16 gene4 110 9 19S25M6S *
e 272 gene5 141 9 23S21M6S *
f 272 gene6 139 9 24S20M6S *
g 0 gene7 38 1 6S44M *
h 256 gene8 38 1 6S44M *
I 256 gene9 38 1 6S44M *
j 256 gene10 40 1 8S42M *
6番目の列はフィルタリングしたい文字列です。デフォルトでは、文字列に16S以上の一致が含まれている場合（たとえば、16S、17S、18S、19Sなど）、これらの行が報告されます。どうすればいいですか？上記の例の出力は次のとおりです。
c 256 gene3 55 0 6S27M17S *
d 16 gene4 110 9 19S25M6S *
e 272 gene5 141 9 23S21M6S *
f 272 gene6 139 9 24S20M6S *
私はちょうど大きなファイルの小さな部分を示しました。
ベストアンサー1
perl -ane 'print if grep {$_ >= 16} ($F[5] =~ /(\d+)S/g)' file
出力
c 256 gene3 55 0 6S27M17S *
d 16 gene4 110 9 19S25M6S *
e 272 gene5 141 9 23S21M6S *
f 272 gene6 139 9 24S20M6S *
これにより、「S」は次の6番目のフィールドのすべての数字を見つけます。 16以上のものがある場合は、その行が印刷されます。
-nから探すperldoc perlrun
Perlが1行のコードに対して何をするのかを確認する素晴らしい方法は、次のオプションを追加することです。-MO=Deparse
$ perl -MO=Deparse -ane 'print if grep {$_ >= 16} ($F[5] =~ /(\d+)S/g)'
LINE: while (defined($_ = <ARGV>)) {
our(@F) = split(' ', $_, 0);
print $_ if grep {$_ >= 16;} $F[5] =~ /(\d+)S/g;
}
-e syntax OK
バラより
http://perldoc.perl.org/B/Deparse.html
http://perldoc.perl.org/O.html
1行をスクリプトに拡張して説明します。
#!/usr/bin/env perl
my $filename = shift @ARGV;
open my $fh, '<', $filename or die $!;
while (defined($_ = <$fh>)) {
my @F = split(' ', $_, 0);
my @s_numbers = $F[5] =~ /(\d+)S/g;
if (grep {$_ >= 16;} @s_numbers) {
print $_;
}
}
close $fh;