テキストファイルの値を確認してください。

この試み：

$ awk '
   FNR == NR {
       a[$1] = $2;next
   }
   {
       split(a[$1],b,",");
       for (i in b) {
           if ($2 == b[i]) {
               printf("%s %s\t*\n",$1,a[$1]);
               next;
           }
       }
       print $1,a[$1];
   }
' file1 file2 
A 1,2,3,4   *
B 15,16,17

修正する

新しい入力で次のことを試してください。

$ awk '
    FNR == NR {
        a[$1] = $2;
        next;
    }
    {
        split($2,b,",");
        split(a[$1],c,",");
        for (i in b) {
            if (b[i] in c) {
                printf("%s %s\t*\n",$1,a[$1]);next;
            }}
                print $1, a[$1];
     }
' file1 file2