認識できない --sysroot オプション。 (式)

sysrootこのプロジェクトでは、autotoolsArm Crossコンパイルを使用しようとしています。autogenスクリプトに使用するオプションは次のとおりです。

CC=arm-linux-gnueabihf-gcc --with-sysroot=/opt/sysroot/dir \
   --host=arm-linux-gnueabihf --sysroot=/opt/sysroot/dir --prefix=/some/dir

--sysrootただし、Eclipseプラグインはオプションを認識しませんが、同じコマンドが端末で正しく実行されることを示しています。

ERROR:
configure: error: unrecognized option: --sysroot=/opt/sysroot/dir
configure: error: unrecognized option: --sysroot=/opt/sysroot/dir
Try ./configure --help' for more information

--sysrootEclipseからオプションを削除するとautogen正常に動作しますが、次のリンカエラーが発生します。

/usr/lib/gcc-cross/arm-linux-gnueabihf/4.8/../../../../arm-linux-gnueabihf/bin/ld: skipping incompatible /usr/lib/../lib/libwebkit_clutter-0.so when searching for -lwebkit_clutter-0
/usr/lib/gcc-cross/arm-linux-gnueabihf/4.8/../../../../arm-linux-gnueabihf/bin/ld: skipping incompatible //usr/lib/libwebkit_clutter-0.so when searching for -lwebkit_clutter-0
make[2]: Leaving directory `/home/dir/workspace/Sharukh/sources/applications'
/usr/lib/gcc-cross/arm-linux-gnueabihf/4.8/../../../../arm-linux-gnueabihf/bin/ld: cannot find -lwebkit_clutter-0
make[1]: Leaving directory `/home/dir/workspace/Sharukh/sources'
/usr/lib/gcc-cross/arm-linux-gnueabihf/4.8/../../../../arm-linux-gnueabihf/bin/ld: skipping incompatible /usr/lib/../lib/libwebkit_clutter_mx.so when searching for -lwebkit_clutter_mx
/usr/lib/gcc-cross/arm-linux-gnueabihf/4.8/../../../../arm-linux-gnueabihf/bin/ld: skipping incompatible //usr/lib/libwebkit_clutter_mx.so when searching for -lwebkit_clutter_mx
/usr/lib/gcc-cross/arm-linux-gnueabihf/4.8/../../../../arm-linux-gnueabihf/bin/ld: cannot find -lwebkit_clutter_mx
/usr/lib/gcc-cross/arm-linux-gnueabihf/4.8/../../../../arm-linux-gnueabihf/bin/ld: skipping incompatible /lib/../lib/libcgroup.so when searching for -lcgroup
/usr/lib/gcc-cross/arm-linux-gnueabihf/4.8/../../../../arm-linux-gnueabihf/bin/ld: skipping incompatible //lib/libcgroup.so when searching for -lcgroup
/usr/lib/gcc-cross/arm-linux-gnueabihf/4.8/../../../../arm-linux-gnueabihf/bin/ld: cannot find -lcgroup
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [bin_Sharukh] Error 1
make[1]: *** [install-recursive] Error 1
make: *** [install-recursive] Error 1

私は何を見逃していますか？