HPCクラスタを使用してかなり大きな（〜3GB）ファイルバッチをダウンロードするために、複数の「wget」シェルスクリプトを作成したいと思います。ファイル名は次のように filenames.txt に保存されます。
$cat filenames.txt
file1
file2
file3
...
私が取得したいURLは次のように構成されています。
ftp://host.com/dir1/dir2/file1/file1.sra
ftp://host.com/dir1/dir2/file2/file2.sra
ftp://host.com/dir1/dir2/file3/file3.sra
各wgetのシェルスクリプトを生成し、それを変数自体というファイルに書きたいと思います。たとえば、file1.sh には以下を含める必要があります。
#!/bin/bash
wget ftp://host.com/dir1/dir2/file1/file1.sra
そして、file2.shには次のものを含める必要があります。
#!/bin/bash
wget ftp://host.com/dir1/dir2/file2/file2.sra
ご覧のとおり、一致するパターンは、1）URLと2）作成するファイル名です。ファイル名にURLを「追加」してから、その名前を付けた.shファイルに書き込むにはどうすればよいですか？
ベストアンサー1
これを行うには、非常に単純なシェルループを作成できます。
while read filename
do
echo '#!/bin/bash' > $filename.sh
echo "wget ftp://host.com/dir1/dir2/$filename/$filename.sra" >> $filename.sh
done < filenames.txt
これは各行を読み取り、filenames.txt呼び出してから、各行に置き換えられたファイルの行に名前が付けられたfilenameファイルを作成します。ファイルには2行があります。各ファイルに、必要なコマンド（再度ファイル名を.に置き換えます）は上書きするのではなく、同じファイルに2行目を追加します。このスクリプトを実行した後：$filename.sh$filename#!/bin/bashwget>>
$ cat file1.sh
#!/bin/bash
wget ftp://host.com/dir1/dir2/file1/file1.sra
$ cat file2.sh
#!/bin/bash
wget ftp://host.com/dir1/dir2/file2/file2.sra
ループ本体の内側に3行目を追加できます。
chmod a+x "$filename.sh"
その後、スクリプトを実行可能にします。行のすぐ上に置きますdone。
ファイル名にスペースやその他の特殊文字が含まれていると、さまざまなレベルで問題が発生しますが、英数字名の場合はうまく機能します。