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bashを使用してMakefileに2つの変数を渡す

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bashを使用してMakefileに2つの変数を渡す

私のmakeファイルへの呼び出しを出力するbashスクリプトがあります。

#!/bin/bash
mylist=(
    'SAMPLES_OUT=$(call list_samples,AON_9,NT_1,SC_17) GFF=/data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me1‌​.gff'
    'SAMPLES_OUT=$(call list_samples,AON_10,NT_2,SC_18) GFF=/data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me2​.gff'
    'SAMPLES_OUT=$(call list_samples,AON_11,NT_3,SC_19) GFF=/data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me3​.gff'
    'SAMPLES_OUT=$(call list_samples,AON_12,NT_4,SC_20) GFF=/data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me4​.gff'
    'SAMPLES_OUT=$(call list_samples,AON_13,NT_5,SC_21) GFF=/data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me5​.gff'
)



for SAMPLES_out in "${mylist[@]}";
do
make -f make_gene_read_count.mk -n SAMPLES_OUT=\'${SAMPLES_out}\'
done

生成されたファイルは次のとおりです。

IN_DIR = /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/namesorted_bams
list_samples = $(shell ls $(IN_DIR)/*$(1)* $(IN_DIR)/*$(2)* $(IN_DIR)/*$(3)* | sed 's/\.namesorted\.bam/\.gene\.read\.count/g')
#SAMPLES_OUT := $(call list_samples,AON_9,NT_1,SC_17)

all: $(SAMPLES_OUT)

GFF := /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me1.gff
GFF_TEMP := $(GFF).temp.gff

$(GFF_TEMP): $(GFF)
    sed 's/\*/./g' $< > $@

%.gene.read.count: %.namesorted.bam $(GFF_TEMP)
    htseq-count -t exon -m intersection-strict -f bam -r name -s no $^ > $@

同じ配列の2つの変数をmakefileに渡そうとしていますが、bashスクリプトの配列リストでこれを行うとうまくいきません。

'$(call list_samples,AON_9,NT_1,SC_17) GFF=/data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me1‌​.gff'

残念ながら、makefileはこの構造を処理できないようです。コマンドラインの問題なく、これら2つの変数をmakefileにどのように渡すことができますか？それでは、$（call）がコマンドライン呼び出しと見なされるのを避ける方法は何ですか？ makefileに渡したい2つの変数はGFFとSAMPLES_OUTです。

ベストアンサー1

Bashはネストされた配列やその他の複雑なデータ構造をサポートしません。

ただし、パラメータの数がわかっているため、各パラメータに対して1つずつ2つの配列を作成できます。

#!/bin/bash

samples=(
    '$(call list_samples,AON_9,NT_1,SC_17)'
    '$(call list_samples,AON_10,NT_2,SC_18)'
    '$(call list_samples,AON_11,NT_3,SC_19)'
    '$(call list_samples,AON_12,NT_4,SC_20)'
    '$(call list_samples,AON_13,NT_5,SC_21)'
)

gff=(
    /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me1‌​.gff
    /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me2​.gff
    /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me3​.gff
    /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me4​.gff
    /data/DIV5/SASC/project-013-motor/analysis/runs/BWA_chipcap/BAMS/GFF/H3K4me5​.gff
)

for (( idx=0; idx<${#samples[@]}; ++idx )) ; do
    make -f make_gene_read_count.mk -n SAMPLES_OUT="${samples[idx]}" GFF="${gff[idx]}"
done

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