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FASTAファイルから改行を削除する

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FASTAファイルから改行を削除する

シーケンスが改行文字で区切られたfastaファイルがあります。改行文字を削除したいです。私のファイルの例は次のとおりです。

>accession1
ATGGCCCATG
GGATCCTAGC
>accession2
GATATCCATG
AAACGGCTTA

私はこれを次のように変換したいと思います：

>accession1 ATGGCCCATGGGATCCTAGC
>accession2 GATATCCATGAAACGGCTTA

2つの列を持つ2番目のファイルが必要です。 1つ目は識別番号、2つ目は順序です。

ベストアンサー1

awkを使用してください：

awk '/^>/&&NR>1{print "";}{printf "%s",/^>/ ? $0" " : $0}' file                                                                                          
>accession1 ATGGCCCATGGGATCCTAGC
>accession2 GATATCCATGAAACGGCTTA

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