サンプル名がサブディレクトリ（508_C、540_C、570_Dなど）のディレクトリ（INPUTDIR）があります。各サブディレクトリには、両方の種類のファイルを含むFASTQという別のディレクトリがあります。
例えば
540_Ct_1.fastq.gz
540_Ct_2.fastq.gz
2つのリストを作りたいです。最初のリストには、パスを含むすべての_1.fastq.gzファイル名が含まれ、他のリストにはパスがある_2.fastq.gzファイル名が含まれています。
ディレクトリ構造は次のとおりです。
INPUT DIR > 508_C >FASTQ > 508_1.fastq.gz 508_2.fastq.gz
INPUT DIR > 540_C >FASTQ > 540_Ct_1.fastq.gz 540_Ct_2.fastq.gz
INPUT DIR > 570_D >FASTQ >570_Ct_1.fastq.gz 570_Ct_2.fastq.gz
INPUTDIRはホームディレクトリです。このディレクトリに2つのリストを作成したいと思います。リストには以下が含まれます。
/home/user/INPUT DIR > 508_C >FASTQ > 508_1.fastq.gz
/home/user/INPUT DIR > 540_C >FASTQ > 540_Ct_1.fastq.gz
/home/user/INPUT DIR > 570_D >FASTQ > 570_Ct_1.fastq.gz
2番目のリストには以下が含まれます。
/home/user/INPUT DIR > 508_C >FASTQ >508_2.fastq.gz
/home/user/INPUT DIR > 540_C >FASTQ > 540_Ct_2.fastq.gz
/home/user/INPUT DIR > 570_D >FASTQ > 570_Ct_2.fastq.gz
ありがとう、
ロン
ベストアンサー1
cd INPUTDIR
find . -name \*1.fastq.gz > list1
find . -name \*2.fastq.gz > list2
「リスト」ファイルのパスは現在のディレクトリに基づいています。絶対パスが必要な場合は、次を使用します。
find "$PWD" -name \*1.fastq.gz > list1