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シェルでファイルの2行を繰り返します。

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シェルでファイルの2行を繰り返します。

次のファイルがあります。

>a
TCCACTCCACGC
>b
ACCTCCAG

一度に2行、つまりその順序を考慮する方法でファイルを繰り返したいと思います。>aその後、これらの2行を変数に保存してから、生物情報ツールのclustalomegaをさらに使用したいと思います。

このような

for lines in test.fa; 
do 
    clustalo -i $capture -o outputfile; 
done

ループの進行中に変数が最初に捕捉される位置は、次の形式を有する。

>a
TCCACTCCACGC

その後、

>b
ACCTCCAG

どうすればいいですか？

ベストアンサー1

変数から改行文字で区切られた2行を収集するには...

while read line1 && read line2
do
    bothlines=$line1$'\n'$line2
    do_something_with "$bothlines"
done < test.fa

(ksh、bash、zshに適用可能)

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