2つのファイルがあります。
ファイルA:
Chr1 Cufflinks exon 2903 3268 . + . gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000002"; exon_number "1"; oId "CUFF.1.2"; tss_id "TSS1";
Chr1 Cufflinks exon 3354 3616 . + . gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000002"; exon_number "2"; oId "CUFF.1.2"; tss_id "TSS1";
Chr1 Cufflinks exon 4357 4455 . + . gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000761"; exon_number "3"; oId "CUFF.1.2"; tss_id "TSS1";
文書B;
TCONS_00000066
TCONS_00000600
TCONS_00000761
TCONS_00000762
TCONS_00000773
Bファイルを一致させ、一致する場所を印刷したいです。この例では、ファイルAのIDは列12にあります。
出力は次のようにする必要があります
Chr1 Cufflinks exon 4357 4455 . + . gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000761"; exon_number "3"; oId "CUFF.1.2"; tss_id "TSS1";
ファイルAの完全な行はファイルCになければなりません。
awkコマンドを試しましたが失敗しました。
awk 'FNR==NR {a[$12];next}; !($12 in a)' B A >C
助けてください。
ベストアンサー1
grep -fB A
必要な操作を行います。この-f
オプションは、パターンをロードするファイルを1行に1つずつ指定します。A
パターンに一致するすべてのラインがB
出力されます。