私が経験している問題は、Texmaker 4.4.1がアプリケーションメニューのアイコンで実行されている場合はコンパイルされませんが、端末で実行されるとコンパイルされます。クイックビルドを実行すると、プログラムにエラーが表示されず、ログウィンドウに通常の出力を表示する以外は何もしません。つまり、Texmakerはコマンドラインおよび/またはアプリケーションメニューから開くと起動しますが、TeXはコマンドラインで起動しない限りコンパイルされません。
私はDebian Strechを使用しています。 Wheezyを使用してこのようなことが起こりましたが、問題を特定する努力を放棄しました。とても難しいようです。
どうですか？