USBスティックで実行されているUbuntuでは、分割エラーが頻繁に発生します。

任意の時点で分割エラーが発生し、プロセスは終了します。これを防ぐにはどうすればよいですか？

実際、これはUSBフラッシュドライブで標準のUbuntuを実行しようとしたときの経験でした。一部のドライブではこれを許可し、他のドライブではファームウェアのバグによりこれを許可しません。コア効率の低いドライブを試してください。