awkはfastaファイルを操作します。

2024-06-14 • tag-icon

awk

このようなファイルがあります。

>chr1
ACGTGGC
TGCCGTT
ATCCTTG
>chr2
ACTTTTA
CTCATAA

seqを1つの文字列に変換したいです。次のように出力する必要があります。

>chr1
ACGTGGCTGCCGTTATCCTTG
>chr2
ACTTTTACTCATAA

awkを使ってどうすればよいですか？私はPerlでこれを行う方法を知っています。

ありがとう

期待どおりに動作します。

awk '/>chr/{if (x)print x;print;x="";next}{x=(!x)?$0:x$0;}END{print x;}' file

>chr1
ACGTGGCTGCCGTTATCCTTG
>chr2
ACTTTTACTCATAA

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