.ドットのcolumn1を2つの列に分割し、残りの列は変更せずにそのままにしたいと思います。
入力ファイル：
chr21.9411551 7 13 53.8461538461538 7 29 24.1379310344828
期待される出力ファイル：
chr21 9411551 7 13 53.8461538461538 7 29 24.1379310344828
ベストアンサー1
そしてawk：
awk '{sub(/\./," ",$1)};1' <file
そしてsed：
sed -e '/^[^.]*\.[^.]*[[:blank:]]/s/\./ /' <file