duは、ディレクトリサイズがその内容の合計よりはるかに大きいことを報告します。

フォルダに隠しファイルがある可能性が高いです。要点は、glob*で始まらないファイルとフォルダのみを選択することです.。したがって、そうしてもduコマンドには渡されません。一方、最上位ディレクトリでは、ドットファイルを含むディレクトリ全体のサイズを取得できます。

隠しファイルを含む特定のフォルダ内のすべてのファイルを一致させるには、以下を試してください（使用bash）。

du -shc -- {.[!.],..?,}*

または、隠しファイルも一致するdotglobようにオプションを設定します。*

shopt -s dotglob
du -shc -- *