行数が異なる2つの異なるファイルをマージします。

大きな打撃：

size1=$( wc -l < file1 )
size2=$( wc -l < file2 )
i=0
while (( i < size1 )); do
    cat file2
    (( i += size2 ))
done | paste -d, file1 -  | head -n $size1

headfile1のサイズがfile2の偶数倍数でない場合は、入力をパイプします。

出力

61346877,212
41724134,1231
85406965,324234
59647779,213
25199749,212
86213,1231
45417131,324234
41905714,213
19415458,212
1828594,1231
56543876,324234
70603415,213

3行のawkプログラム

awk -v OFS=, '
    # read the smaller file into memory
    NR == FNR {size2++; file2[FNR] = $0; next} 

    # store the last line of the array as the zero-th element
    FNR == 1 && NR > 1 {file2[0] = file2[size2]} 

    # print the current line of file1 and the corresponding file2 line
    {print $0, file2[FNR % size2]}
' file2 file1